邵晨
,
高友鹤
色谱
液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法.保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中.在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提高鉴定的可信度.鉴定的灵敏度也可以通过匹配多次LC-MS实验中具有相同精确质量数和保留时间的峰而提高.另一方面,由于色谱条件的微小改变即会引起保留时间的变化,因此对多次实验结果进行保留时间比对是进行非标记定量的不可或缺的步骤.另外,联合保留时间偏移和质量数信息还可以进行蛋白质翻译后修饰(post-translational modification,PTM)的鉴定.
关键词:
液相色谱-串联质谱
,
保留时间预测
,
保留时间比对
,
多肽鉴定
,
非标记定量
,
翻译后修饰
,
蛋白质组学
许静静
,
刘幸
,
周虎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.08047
蛋白质翻译后修饰(PTMs)是调节细胞内生理活动的重要途径.该文总结了近年来PTMs蛋白质组学相关的分离方法,包括反相(RP)色谱法、离子交换(IEX)色谱法、亲水相互作用色谱(HILIC)法、多孔石墨化碳(PGC)色谱法、毛细管电泳(CE)法及分子筛色谱(SEC)法等.这些新方法为磷酸化、乙酰化、糖基化等PTM肽段或蛋白质的鉴定提供了更高的分离度和灵敏度.此外,该文也介绍了蛋白质领域其他重要分离方法的研究进展,这些方法可能被进一步应用于PTMs蛋白质组学的研究中.
关键词:
翻译后修饰
,
蛋白质组学
,
反相色谱
,
离子交换色谱
,
亲水相互作用色谱
,
多孔石墨化碳色谱
,
毛细管电泳
王国娟
,
张锴
,
何锡文
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.01008
采用液相色谱-质谱联用技术结合生物信息学分析手段,研究Hela细胞组蛋白H3赖氨酸(Lysine(K))K27和K36位点带有甲基化和二甲基化修饰的多肽鉴定,通过二级质谱碎片解析和二级碎片丰度分析,对组蛋白H3赖氨酸K27和K36上甲基化和二甲基化修饰进行了鉴定和分析.
关键词:
液相色谱
,
质谱
,
组蛋白
,
翻译后修饰
,
定量蛋白质组学
董瀚阳
,
郭振昌
,
田姗姗
,
翟贵金
,
张锴
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.08040
蛋白质的赖氨酸修饰广泛参与基因调控、转录、代谢等重要的生物过程.在真核细胞组蛋白上发现了一种新的赖氨酸修饰-2-羟基异丁酰化,这种修饰对于生殖细胞分化具有调控功能.该研究旨在探索这种修饰在原核生物非组蛋白中的特征.通过亲和富集、高效液相色谱-串联质谱鉴定和生物信息学分析,在奇异变形杆菌中鉴定到大量未见报道的2-羟基异丁酰化蛋白及其位点,进而考察了原核生物中2-羟基异丁酰化修饰蛋白的分布特征、分子网络和通路特点.研究表明,赖氨酸-2-羟基异丁酰化在原核生物中具有广泛的分布,其生物学意义值得进一步研究.
关键词:
高效液相色谱-串联质谱
,
翻译后修饰
,
2-羟基异丁酰化
,
赖氨酸
,
奇异变形杆菌
