张树荣
,
吴海龙
,
翟敏
,
康超
,
尹小丽
,
俞汝勤
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.03051
从三线性分解算法对液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)多样本测定数据分辨的适用性角度人手,探讨了双线性和三线性分解算法的实际应用效果、存在的问题及其解决方案.本文选择含有低丰度肽段和高干扰背景信号的代表性测定数据进行测试.结果表明,双线性方法不具有分辨唯一性,不能分离LC-MS多样品测定数据存在的背景干扰,从而不适用于低丰度肽段问题的分析.常规的三线性分解算法难以满足质谱信号具有的数学特性——稀疏性,分辨结果并不完全可靠.本文提出了具有非负约束的交替三线性分解(non-negative alternating trilinear decomposition,NNATLD)新算法用于LC-MS多样本测定数据分辨及数学分离,能够很好地适应质谱的数学特性,且具有计算资源节约和收敛速度快等特点.
关键词:
液相色谱-质谱
,
多样本
,
定量蛋白质组学
,
三线性分解
,
非负交替三线性分解
,
算法比较
,
数学分离
周愿
,
单亦初
,
张丽华
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.05007
定量蛋白质组学已经成为后基因时代的重要研究方向之一.目前该领域的研究主要采用无标记定量方法和稳定同位素标记定量法.其中,基于稳定同位素标记的蛋白质组定量方法发展非常迅速,已为生命科学研究提供了重要的技术支撑.本文分析了基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法,包括相对定量方法和绝对定量方法,并对其发展进行了展望.
关键词:
定量蛋白质组学
,
稳定同位素标记
,
相对定量
,
绝对定量
王国娟
,
张锴
,
何锡文
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.01008
采用液相色谱-质谱联用技术结合生物信息学分析手段,研究Hela细胞组蛋白H3赖氨酸(Lysine(K))K27和K36位点带有甲基化和二甲基化修饰的多肽鉴定,通过二级质谱碎片解析和二级碎片丰度分析,对组蛋白H3赖氨酸K27和K36上甲基化和二甲基化修饰进行了鉴定和分析.
关键词:
液相色谱
,
质谱
,
组蛋白
,
翻译后修饰
,
定量蛋白质组学
周愿
,
张珅
,
袁辉明
,
张丽华
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2014.01002
为提高蛋白质组定量分析的准确度、通量和自动化程度，构建了由微升级混合离子交换色谱、亲水型固定化酶反应器（hIMER）和纳升级反相色谱-电喷雾串级质谱（nanoRPLC-ESI-MS / MS）组成的集成化蛋白质定量分析平台。该平台实现了二甲基化标记蛋白质样品在线分离、酶解、肽段分离鉴定和定量分析。采用质量比为1：1的轻、重标记的蛋白质样品考察该平台的定量性能，发现蛋白质水平二甲基化标记效率为90％；蛋白质经 hIMER 在线酶解10 min 产生的漏切及酶解产物在 hIMER 柱上的非特异性吸附对定量准确度的影响较小，所有定量到的重/轻标记的蛋白质质量比的平均值为1.01。最后将该平台应用于小鼠腹水型肝癌淋巴道高、低转移细胞系差异蛋白质的分析，发现了12种蛋白质在高转移细胞系中低表达，15种蛋白质在高转移细胞系中高表达。以上结果证明了该平台可以实现高准确度和高通量的蛋白质组定量分析。
关键词:
集成化蛋白质组定量分析平台
,
蛋白质标记
,
定量蛋白质组学
,
亲水型固定化酶反应器
