赵鹏
,
陶定银
,
梁振
,
张丽华
,
张玉奎
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2009.03.001
通过将展示单链抗体(scFv)文库的M13噬菌体固定于冷凝胶整体柱表面制备了一种新型蛋白质均衡器.由于展示的scFv片段具有种类多、数目大以及与蛋白质结合的特异性强等优点,因此其非常适合用于复杂蛋白质样品的预处理.将肾病患者尿蛋白在平衡器上反复上样5次后,依次使用2 mol/L NaCl、50 mmol/L Gly-HCl(pH 2.5)和凝血酶溶液洗脱与均衡器结合的蛋白质,收集各馏分,并采用串联微柱反相液相色谱-电喷雾质谱进行蛋白质的分离鉴定.与未经均衡器处理的样品相比,鉴定的蛋白质数目由142个提高到396个.此外,凝胶电泳的分析结果显示,在上样流出液中蛋白质的浓度差异明显变小,大量的高丰度蛋白质存在于NaCl洗脱液中.上述结果表明,基于M13噬菌体展示scFv文库的新型蛋白质均衡器能够有效减小样品中蛋白质的浓度差异,有利于发现更多的低丰度蛋白质.
关键词:
蛋白质均衡器
,
M13噬菌体展示单链抗体文库
,
串联微柱反相液相色谱-电喷雾质谱
,
蛋白质
,
肾病患者
,
尿
罗福文
,
陶定银
,
赵鹏
,
张凌怡
,
贾玉杰
,
张维冰
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2010.00034
通过蛋白质组学技术筛选胃癌相关标志物是目前胃癌研究的热点,也是早期诊断的关键.针对组织蛋白质提取物非常复杂的特点,并根据疏水性的差异,采用反相液相色谱对正常及癌症组织提取蛋白质进行分离.通过比较正常及癌症组织提取蛋白质的谱图差异,收集并酶解差异最大的保留时间为45～47 min的馏分,采用液相色谱-多级质谱联用(LC-MS/MS)鉴定其酶解产物.鉴定结果显示,正常及癌症组织中的共有蛋白质为9个,正常组织中有6个特异蛋白质,而癌症组织中有17个特异蛋白质.通过进一步分析,筛选出胃癌组织中含有的丰度较高的两个蛋白质.应用生物信息学方法分析这些蛋白质,能为将来的药物靶点、药物作用通路研究提供更多的信息.
关键词:
液相色谱-多级质谱法
,
特异蛋白质
,
癌症
,
胃组织
侯春彦
,
马俊锋
,
陶定银
,
张丽华
,
梁振
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2011.00851
针对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系的磷酸化膜蛋白质组,发展了基于多酶酶解法结合杂化硅胶基质固定化钛离子亲和色谱( Ti4+ -IMAC)整体柱富集的分析策略.该方法通过对细胞裂解液进行超速离心,以及1 mol/LNaC1和0.1 mol/L Na2CO3顺序清洗,获得膜蛋白质组分.所提取的蛋白质分别经胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶和胃蛋白酶平行酶解,产生的肽段经Ti4+ -IMAC整体柱选择性富集磷酸肽后,采用纳升级反相液相色谱分离和质谱鉴定,成功鉴定到43个磷酸化蛋白质,其中有14个定位于膜上.研究结果表明,采用该策略开展SH- SY5Y细胞系磷酸化膜蛋白质组学分析有望加速对该肿瘤的研究和相关潜在标记物的筛选.
关键词:
人神经母细胞瘤
,
磷酸化肽富集
,
膜蛋白质
,
多酶酶解
,
固定化钛离子亲和色谱
,
有机-无机杂化硅胶整体材料
