张曼玉
,
王春丽
,
边阳阳
,
程凯
,
卫晓鸾
,
叶明亮
,
邹汉法
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2011.00706
模体是蛋白质二级结构上的一种特征序列,激酶底物通常具有一类特征性的模体,识别底物模体对鉴定激酶底物具有重要意义.为了快速鉴定激酶底物模体,将全细胞蛋白质酶解液作为肽段文库的来源,采用碱性磷酸酶去除肽段的固有磷酸化后构建了用于筛选激酶底物模体的肽段文库.该肽段文库是大最非磷酸化肽段的混合物,将此混合肽段与酪蛋白激酶2和 三磷酸腺苷作用30 min后,通过固定化金属离子亲和色谱法富集磷酸化肽段,采用反相液相色谱-串联质谱分析,成功地鉴定到472条非冗余底物肽段,包含451个非冗余磷酸化位点,并山此得到底物模体S/T-D/E-x-D/E.该法能够快速准确地筛选出激酶底物模体,对研究激酶-底物识别以及信号转导过程具有重要意义.
关键词:
固定化金属离子亲和色谱
,
反相液相色谱-串联质谱
,
模体
,
激酶
,
肽段文库
,
蛋白质组学
邓楠
,
梁振
,
边阳阳
,
张明建
,
张柯
,
张丽华
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.10012
基于随机寡核苷酸与蛋白质之间的离子、亲和、疏水、氢键等相互作用力及多种空间结构作用,发展了一种基于随机寡核苷酸文库作为配基的新型血浆样品处理方法.采用寡核苷酸文库修饰的磁性颗粒(MNP@ssDNA)材料,在生理缓冲体系条件下捕获血浆样品中的蛋白质.比较了两种洗脱体系的洗脱效果,并利用nano-RPLC-ESI-MS/MS对获得的蛋白质酶解液组分进行分析.结果表明,MNP@ssDNA材料处理后的血浆蛋白质鉴定数量提升了约29.5%,两种洗脱体系呈现良好的互补性(26.7%).血浆中前10种高丰度蛋白质的谱图占有率从处理前的31.82%降低到21.31%(洗脱体系1)和26.20%(洗脱体系2).在鉴定到的蛋白质中,丰度最低的蛋白质在血浆中的质量浓度约为0.29 ng/mL,该蛋白质仅在MNP@ssDNA材料处理后被鉴定到.结果证明MNP@ssDNA策略不仅能有效降低血浆中高丰度蛋白质的丰度,也为低丰度蛋白质的深度挖掘提供了新的思路.
关键词:
随机寡核苷酸文库
,
血浆
,
蛋白质
,
高丰度
,
低丰度
,
谱图数量
程凯
,
王方军
,
边阳阳
,
叶明亮
,
邹汉法
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2014.10019
磷酸化修饰的分析一直是蛋白质组学研究的热点之一。在鸟枪法的蛋白质组学研究中，通过在数据库检索中设定磷酸化为可变修饰可以直接鉴定磷酸化修饰的位点。但是翻译后修饰的引入会增加数据检索空间，造成鉴定灵敏度的降低。为了解决这一问题，我们构建了一种位点注释的数据库，这种数据库包含蛋白质的磷酸化位点信息，并开发了一种新的数据库检索策略用于磷酸化肽段的可靠鉴定。用不同类型的数据作为分析对象，通过Mascot检索软件对这种新的数据库检索策略进行了考察，证明了这种方法在保证鉴定结果可靠性的前提下提高了磷酸化肽段鉴定的灵敏度。
关键词:
蛋白质组学
,
磷酸化
,
检索空间
,
位点注释
